Dans Men in Black 3, Agent J (Will Smith) et Agent K (Tommy Lee Jones) sont de retour... dans le temps. Agent J a été témoin de choses inexplicables durant ses 15 ans de carrière, mais rien - pas même les extraterrestres—ne le trouble autant que les sarcasmes de K, son collègue. Toutefois, quand la vie d'Agent K et le sort de la planète sont compromis, Agent J devra voyager dans le passé pour rectifier la situation. Il découvrira alors que l'univers contient des secrets dont son acolyte ne lui a jamais parlé, des secrets qu'il découvrira en faisant équipe avec le jeune Agent K (Josh Brolin) afin de sauver son équipier, son employeur et le futur de l'humanité.