Le cauchemar de Resident Evil est loin d'être terminé, il ne fait que commencer! Après ses aventures dans la première partie, l'héroïne Alice doit maintenant faire face à toute une ville pleine de zombies. La contagion qui avait débuté dans la première partie s'est en effet propagée, de sorte que toute la ville risque d'y passer. Et comme si cela ne suffisait pas, "Nemesis", une arme secrète de "The Hive" est à la recherche d'Alice.