1969. Après avoir passé plus de dix ans à enseigner au Hunter College de New York, l'estimé docteur Jones, professeur d'archéologie, est sur le point de prendre sa retraite et de couler des jours paisibles...
La nouvelle aventure d’Indiana Jones débute dans un désert du sud-ouest des États-Unis. Nous sommes en 1957, en pleine Guerre Froide ; Indy et son copain Mac ( Ray Winstone) viennent tout juste d'échapper à une bande d'agents soviétiques à la recherche d'une mystérieuse relique surgie du fond des temps...
Un extra-terrestre est poursuivi par l'armée américaine. Il se réfugie chez une jeune veuve et prend l'apparence de son mari défunt. La jeune femme l'héberge et l'accompagne dans sa fuite...