« Embrace of the Serpent » raconte l’histoire légendaire d’un premier contact, d’une première rencontre, d’une trahison et finalement d’une amitié qui devient plus importante que la vie entre un chamane, le dernier survivant de son peuple, et deux scientifiques qui, pendant une période de 40 ans, parcourent la forêt amazonienne à la recherche d’une plante sacrée capable de les guérir.